Университет ведет историю от Московского механического  института боеприпасов (ММИБ), основанного в ноябре 1942 года.  Основной целью института являлась подготовка кадров для атомной отрасли.  В создании и становлении МИФИ участвовали выдающиеся ученые, в том числе руководитель атомного проекта СССР академик Игорь Васильевич Курчатов. В МИФИ работали шесть лауреатов  Нобелевской премии – академики Н.Г. Басов (выпускник МИФИ),  А.Д. Сахаров, Н.Н. Семенов, И.Е. Тамм, И.М. Франк, П.А. Черенков.