Краеведческий музей начал свою жизнь 25 августа 1932 года в Маринкиной (Коломенской) башне кремля. На восьми её ярусах были представлены первые 100 экспонатов выставки «Старая Коломна», полученные из фондов Государственного Исторического Музея, архивов Москвы и жителей Коломны.

В 1936 году музею  передали здание храма Михаила Архангела. Помещение было реконструировано для историко-краеведческой экспозиции. В этот период активно комплектовались документальный фонд и собрание произведений изобразительного искусства: пейзажи и портреты конца XVIII — XIX веков, а также картины местных художников, посвящённые истории Коломны. За короткий срок был собран богатейший материал для отдела природы (образцы полезных ископаемых, гербарии, чучела птиц и зверей), созданы биогруппы.

В 1930—е годы заложен фундамент современной коломенской археологии, традиции долговременных экспедиций и поисков. Музей стал центром научной и просветительской работы в городе и районе.

С 1969 по 1972 годы была проведена полная реконструкция здания храма Михаила Архангела с учётом музейных требований и создана новая экспозиция, охватившая двадцать веков жизни Коломны. В это время музей тесно сотрудничал с музеями Москвы. С большим успехом в музее проходили передвижные выставки Третьяковской галереи, Государственного музея изобразительных искусств им. А.С. Пушкина, музея-панорамы «Бородинская битва», историко-архитектурного и художественного музея «Новый Иерусалим», персональные выставки российских художников.

В 2006 году администрацией городского округа Коломны для музея был определён купеческий усадебный  комплекс ХIХ века — памятник истории и культуры регионального значения. Начался новый период  в истории музея на территории Коломенского кремля. Современная экспозиция открыта в конце 2011 года по Федеральной целевой программе «Культура России (2006 – 2011)» (консультант — доктор исторических наук, профессор А.Б. Мазуров).

Коломенский краеведческий музей — один из признанных центров культуры Коломны. Ежегодно его посещают более 90 тысяч человек,  проводится свыше 2 тысяч экскурсий, лекций, социокультурных программ, мероприятий и акций, в том числе международного, межрегионального и областного уровней.

Отдел музея «Усадьба купцов Лажечниковых» — исторический памятник середины ХVIII – ХIХ веков областного значения. В 2007 году в дни празднования Всероссийского Дня славянской письменности и культуры была открыта первая выставка, посвящённая писателю И.И. Лажечникову. На базе  отдела  создан уникальный «Центр музейных технологий» (победитель V Грантового конкурса музейных проектов «Меняющийся музей в меняющемся мире» Благотворительного фонда В. Потанина), представляющий лучшие музейные проекты России.     

В 1977 году  был открыт отдел «Музей боевой славы» в здании церкви Первоверховных Апостолов Петра и Павла. Постоянно действовали  выставки «Слава и гордость Коломны» (о боевой и трудовой истории города в период Великой Отечественной войны) и «Афганистан – наша память и боль». В 2009 году храм был передан Русской Православной  Церкви. К 65-летию Победы в Великой Отечественной войне было построено новое здание и открыта экспозиция «Военно-историческое наследие Коломны».

Сегодня основной фонд музея составляет 27 607 единиц  хранения. Литографии,  гравюры, живопись XVIII—XIX веков, представленная полотнами художников И.К. Айвазовского, А.М. Корина, А.М. Васнецова, Е.Е. Лансере,  Г.К. Лукомского, Ю.И. Пименова являются гордостью музейной коллекции. В фондах хранятся подлинные документы и предметы, полученные в 1932-1936 годах из  Государственного Исторического Музея и архивов Москвы; клад медных монет, найденный на территории кремля в 1936 году. В это же время фонды пополнились  документами из канцелярии графа Шереметева, иконами, книгами и предметами церковного обихода, поступившими из библиотеки имени И.И. Лажечникова, коломенских монастырей и Успенского собора. Большая часть экспонатов поступила в музей в дар от жителей города.

 Наибольшую ценность представляют собрания документального фонда и редкой книги, включающие в себя более 8 000 единиц хранения. Их основу составляют комплексы известных писателей, партийных деятелей, учителей и врачей, фонд совета ветеранов войны 1941—1945 годов: листовки и плакаты, письма, личные вещи, карты.

Большое историческое и научное значение имеет археологическая коллекция музея, которая активно пополняется с конца 1990-х годов.

За последние 15 лет новую жизнь обрели более ста уникальных единиц хранения документального фонда, мебели, металла и дерева, обладающие художественной ценностью и вызывающие особый интерес у специалистов и посетителей музея. 

Экспозиция музея

 На первом этаже находится зал «Природа и человек в Коломенском крае с древнейших времён до XII века», который словно переносит посетителя на миллионы лет назад. Гости музея могут проследить, как возникла и развивалась жизнь на Коломенской земле. Климат и природа явились одной из причин крупных изменений в жизни человека: занятий и орудий труда. В экспозиции представлены уникальные археологические находки со стоянки эпохи палеолита (12 тысяч лет до н.э.), открытой археологами в 2006 году на территории коломенского кремля; коллекция боевых шлифованных топоров эпохи бронзы (IIтысячелетие до н.э.); находки раннего железного века (VIIв. до н.э. – VIв. н.э.) дьяковской культуры. Посетитель может увидеть погребальную урну и бисер из коломенского археологического памятника эпохи «тёмных веков» (VII– IX вв.) — Щуровского могильника.  

В залах второго этажа представлена история Коломны с момента основания города, имевшего важное оборонительное значение для Рязанского, а затем и Московского княжеств. В экспозиции находятся гончарные, кузнечные, ювелирные и деревянные изделия средневековых ремесленников. Среди них интереснейшая деревянная чаша XIIIвека, выточенная на токарном станке, найденная археологами на территории коломенского кремля.  

Бытовая сторона жизни города дополняется посудой из металла XVII – XVIIIвеков, которая, возможно, была привезена из восточных стран.

Второе главное значение Коломны – торговое. Вниманию посетителя представлены парадные портреты первой четверти XIX века. Работа «Портрет купчихи в вишнёвой шали» представляет собой образ ведущего сословия Коломны XVIII -XIXвеков. Интересны напольные часы английской работы конца XVIII- начала XIXвеков, принадлежавшие известной коломенской благотворительнице М.Н. Шевлягиной.

Со второй половины XIXвека Коломна становитсяпромышленным и культурным центром Подмосковья. Экспозиция рассказывает о жизни города в этот период и о благотворительной деятельности известных коломенцев. Наглядно демонстрируется развитие коломенской промышленности. Отдельный комплекс посвящён митрополиту Московскому и Коломенскому – Филарету.

Завершает экспозицию музея зал, где представлены предметы бывшей дворянской усадьбы села Северское. Это западно-европейская и российская мебель, фарфоровая, фаянсовая и стеклянная посуда — предметы середины XVIII – XIX веков.  Ещё одним украшением зала являются парадные портреты середины XVIIIвека.